Angleterre, an de grâce 1558. Lorsque la reine Marie (Kathy Burke) s'éteint, la jeune Elizabeth (Cate Blanchett), fille du roi Henri VIII et de sa maîtresse protestante Anne Boleyn, devient finalement reine après une jeunesse tourmentée et menacée à l'ombre d'un royaume ardemment catholique. Son principal conseiller, sir William Cecil (Richard Attenborough) l'incite à oublier ses problèmes personnels pour se consacrer à ceux du royaume : l'Angleterre est au bord de la banqueroute, son armée est fantômatique et l'hostilité étrangère se fait de plus en plus grande. Même au cœur de sa cour, la reine a des ennuis, notamment avec le redoutable duc de Norfolk (Christopher Eccleston). Afin d'assurer la stabilité du royaume et l'héritage de la Couronne, sir William conseille à Elizabeth de se marier, soit à un Français, le duc d'Anjou (Vincent Cassel), soit à l'époux de sa demi-sœur décédée, le roi Philippe d'Espagne. Mais Elizabeth n'a d'yeux que pour Dudley (Joseph Fiennes), son compagnon d'enfance. La première crise politique grave éclate lorsque Marie Stuart (Fanny Ardant), nièce des Guise et reine d'Ecosse, masse ses troupes le long de la frontière. La cour est divisée et, malgré les protestations du chef des espions, l'énigmatique sir Francis Walsingham (Geoffrey Rush), Elizabeth se plie à la volonté des partisans de la guerre, conduits par Norfolk. A tort...