Jason Bourne est un homme en fuite. La CIA, dont il a été une des machines à tuer les plus efficaces qui soit, veut l’éliminer pour de bon. Si bien que, de Tanger à Madrid, l'assassin amnésique essuie les balles des tueurs lancés à ses trousses, tout en essayant de percer le mystère de sa propre identité. Laquelle, secrètement gardée par ses adversaires, serait liée à Treadstone, l’organisation qui l’a formé, et dont il risque d’éventer le secret, advenant que la lumière soit faite sur son passé. L’agent Pam Landy, qui fut autrefois son alliée, supervise sa traque. Pour bientôt s'apercevoir que sa cible se rapproche des quartiers généraux de la CIA à New York.