Après avoir survécu aux zombies et autres créatures engendrées par un virus, Alice Prospero, dotée d'une agilité et d'une force impressionnantes, entreprend des recherches sur cette terrifiante substance dans la ville de Raccoon City. Dans cette bourgade, où la mort rôde à chaque coin de rue, elle fait la connaissance de Jill Valentine, membre des S.T.A.R.S., de la journaliste Terri Morales qu'elle prend sous sa protection, de Peyton Wells, un sergent de la Special Tactics and Rescue Squad, et du monstre Nemesis, qui a pour mission d'éliminer toute forme vivante.