Après une mission à Kiev, les membres d'une équipe spéciale de la CIA Ethan Hunt, Sarah, Hannah, Jack et Claire rejoignent à Prague, Jim Phelps, leur chef et le mari de Claire. Ils sont chargés d'arrêter Golitsyn un espion qui lors d'une réception à l'ambassade américaine s'apprête à s'emparer d'une disquette informatique avec le nom des agents non officiellement couverts, les NOC.