12 ans se sont écoulés depuis les événements de Dune. L'ancienne prophétie s'est réalisée: le règne du légendaire Muad'Dib a permis la miraculeuse transformation des terres désertiques. Mais Paul Atreides s'aperçoit qu'il est à la tête d'une violente dictature et il se retir dans le désert. Ses jumeaux et héritiers devront alors faire face à une guerre civile sur Arrakis et au chaos à l'échelle intergalactique. L'avenir du commerce de l'épice et de l'humanité toute entière dépend désormais des Enfants de Dune.