Au cours d'une nuit d'orage, en mer méditerranée, un corps inanimé est tiré des des eaux par un bateau de pêche. Croyant avoir affaire à un macchabée, l'un des mariniers extrait, à l'aide d'un scapel, deux balles fichées dans le dos du jeune homme ainsi qu'un étrange laser miniature comportant un numéro dans sa hanche. S'il n'est pas mort, le rescapé (Matt Damon) n'a, en revanche, plus aucun souvenir du comment et du pourquoi il est arrivé là. Pire, il ne sait même plus qui il est. En quête de son identité, il se découvre peu à peu des facultés physiques et psychiques qu'il n'aurait pas soupçonné... Première étape de son parcours, Zürich. Le numéro gravé au laser dans le petit cylindre de sa hanche était en fait celui d'un numéro de compte d'une banque suisse. Le contenu de son coffre ne laisse de l'intriguer : non seulement il regorge de petites coupures et d'armes, mais le nombre conséquent de passeports indique aussi qu'il est un as des multiples identités. Quel est son vrai nom ? Jason Bourne, John Michael Kaye ? Qui qu'il soit, c'est pourtant un homme traqué. Et sa rencontre avec Marie (Franka Potente), une jeune Allemande un peu paumée, va enfin lui permettre de prendre contact avec la réalité... et de partir pour Paris, où se trouvent sans doute les réponses à toutes ses questions...