La Polynésie française est à nouveau le théâtre d'essais nucléaires. Cette fois, les conséquences semblent plus difficiles à gérer par la France... Endormi depuis des siècles, Godzilla, un gigantesque et vorace monstre, vient de se réveiller. Rasant tout son sur passage, il prend la direction de New York (par le canal de Panama ?), où le gouvernement américain tente de trouver une solution. Inefficaces devant cette erreur génétique gloutonne, les militaires font appel à Nick Tatopoulos (Matthew Broderick), un scientifique, qui devrait permettre aux forces armées de le traquer. De son côté, Philippe Roche (Jean Reno), un obscur expert en assurances français, mène lui aussi ses investigations, à la tête d'unee équipe d'enquêteurs chargéed'évaluer les dégats provoqués par le reptile. Alors que les deux équipes travaillent chacune de leur côté, elles décident de s'unir pour lutter contre Godzilla.