Au nord du Texas, un jeune garçon découvre des ossements préhistoriques dans une grotte. A leur contact, un mystérieux parasite envahit son organisme. Un cerrtain Bronschweig (Jeffrey DeMunn) fait évacuer le corps par hélicoptère avant que les secours n'aient pu intervenir. De mystérieux camions-citernes blancs prennent aussitôt possession des lieux... Dallas, une semaine plus tard. Un immeuble fédéral est détruit par une explosion alors que l'agent Fox Mulder (David Duchovny), sur les lieux avec sa coéquipière Dana Scully (Gillian Anderson), venait de localiser la bombe. Une commission d'enquête est ouverte. Les deux agents, cantonnés à des tâches routinères après la fermeture du Bureau des affaires non classées, sont convoqués et taxés de négligence. Le FBI envisage la mutation de Scully et la séparation des deux trublions incontrôlables et trop curieux. Noyant son dépit dans un bar, Mulder fait la connaissance d'un mystérieux personnage, Kurtzweil (Armin Mueller-Stahl), qui lui révèle que l'attentat contre l'immeuble fédéral était destiné à détruire les preuves d'un projet de guerre bactériologique par la propagation du virus Hauta. Et que le nord du Texas servirait de champ d'expérimentation... Il n'en faut pas plus à Mulder pour reprendre ses esprits et entraîner sa collègue sur le chemin du complot mondial...