Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre. Lyra n'est jamais seule : elle a pour compagnon Pantalaimon, son démon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales.
Dans ce monde, l'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une station expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences...