On croyait l'épopée bel et bien terminée, eh bien non ! Deux cents ans après s'être suicidée, alors qu'elle était enceinte de l'Alien, en se jetant dans une cuve d'acier en fusion, le lieutenant Ellen Ripley (Sigourney Weaver) est ressuscitée par un savant bidouillage de son ADN, retrouvé et conservé par des chercheurs qui se trouvent à bord d'un vaisseau en parance pour la Terre. Mais une partie de l'ADN de l'Alien "roi" est accidentellement mélangé à celui de Ripley, développant en cette dernière des caractéristiques communes à son ennemi héréditaire... Parallèlement, les scientifiques ont également rendu à la vie plusieurs spécimens d'aliens qui, bien entendu, vont s'échapper et semer la terreur dans le vaisseau. Pour corser le tout, l'Alien "roi" donne naissance à une nouvelle variété de monstres encore plus féroces que les précédents. Seule Ripley, aidée par une étrange androïde (Winona Ryder) et une bande de pirates de l'espace menée par Vriess (Dominique Pinon) et Johner (Ron Perlman), peut les exterminer avant l'atterrissage sur la planète bleue, ce qui, en cas d'échec, signifierait la destruction immédiate de celle-ci...