Ière partie : 1940, devant l'avance des troupes allemandes, Jean Moulin, préfet d'Eure et Loir, refuse de céder à la panique et décide de rester à son poste à Chartres. Tandis que l'armistice est demandé par le maréchal Pétain, Jean Moulin accueille froidement les autorités d'occupation. Lorsque des officiers nazis le somment de signer un texte imputant à des tirailleurs sénégalais des violences commises sur des civils, il refuse. Il est alors mis en prison et torturé. Résolu à mourir plutôt que de subir l'indignité de la situation, il se tranche la gorge. Sauvé, il est libéré et obligé de reprendre son poste. Finalement renvoyé par l'administration pétainiste, il s'engage dans la Résistance et embarque pour Londres.
2ème partie : 1942, Jean Moulin est parachuté dans le sud de la France. Devenu le représentant du général de Gaulle, il a pour mission d'unifier les mouvements de résistance. Il fournit argent et armes aux groupes. Devenu "Rex", il rencontre les divers responsables de la Résistance et tente d'aplanir les différends entre les factions. La Gestapo, sous les ordres de Klaus Barbie, resserre ses filets autour de lui...