Depuis sa dernière rencontre avec l'oracle, de nombreux événements ont amené Neo à mieux comprendre la Matrice et à en maîtriser les rouages pour finalement devenir l'Elu.
Alors qu'il est perdu dans ses pensées, la Matrice lance une attaque surprise, prête à tout pour éliminer Neo et ses complices, au risque de se sacrifier elle-même.
De dangereux virus, les Virii, ont été introduits dans le système pour infecter l'Elu et le neutraliser.
Éjecté de la matrice, Neo se retrouve alors dans le vrai monde, sans pouvoirs et incapable d'en sortir. Mais il doit tenter l'impossible pour retourner dans le monde virtuel, car Morpheus et Trinity, tous deux prisonniers de la Matrice, ne parviennent plus à contenir les attaques des Virii, qui se multiplient à un rythme alarmant...