Les mutants poursuivent leur lutte contre une société qui les craint et se méfient d’eux. Leur cause devient d’autant plus désespérée qu’un assaillant encore inconnu et qui possède des pouvoirs extraordinaires, vient de commettre un incroyable crime.
Cette attaque choquante relance la polémique sur l’Acte d’Enregistrement des Mutants, et e mouvement anti-mutant dirigé à présent par William Stryker, un ancien commandant de l’armée devenu riche, dont la rumeur dit qu’il a mené des expériences sur des mutants. Le "travail" de Stryker sur les mutants est en quelque sorte lié au mystérieux et lointain passé de Wolverine.
Avec le sort du Professeur Xavier enter leurs mains, ainsi que celui de l’humanité – et de tous les mutants – les X-Men font face à la plus dangereuse mission qu’ils aient jamais eu à remplir.